Vụ Hợp tác Quốc tế;

Cục Quản lý Khám chữa bệnh

Cục Quản lý Y Dược cổ truyền                 

Vụ Sức khoẻ Bà mẹ-Trẻ em

Vụ Trang thiết bị và công trình y tế

Cục Khoa học Công nghệ và Đào tạo

Vụ Pháp chế

Vụ Tổ chức cán bộ     

Cục Y tế dự phòng

Cục Quản lý Môi trường Y tế                                  Cục Phòng chống HIV/AIDS

Cục Quản lý Dược                                                  Cục An toàn thực phẩm.

Cục Công nghệ thông tin